COMSOL 和多线程处理

问题描述

本页描述 COMSOL 如何利用多核计算机的计算资源。

解决方法

COMSOL 支持两种相互的并行操作模式：共享内存并行和分布式内存并行（集群支持）。COMSOL 的所有许可证类型均支持共享内存并行，但分布式内存并行需要网络浮动许可证。使用共享内存并行时，您可以利用计算机上的所有 CPU 插槽，但对于具有多个插槽的计算机来说，有时使用网络浮动许可证可以更好地利用计算机的全部容量。更多信息请参见混合计算：共享内存与分布式内存相结合的优势。 有关选择硬件的更多一般信息，请参阅：推荐用于运行 COMSOL Multiphysics® 的硬件配置。

本解决方法适用于共享内存并行操作，对于分布式内存并行操作，请参见解决方法 1001。共享内存处理（也称多线程处理）对 COMSOL 的计算性能而言非常重要。用于描述多线程处理的一些常用术语如下：

• 内核：是指物理处理器内核，由具有多个处理器的计算节点用于共享内存并行计算。
• 加速比：是指在特定的计算节点上，在N个内核上运行作业比在单核上快多少倍。加速比取决于问题类型、使用的硬件及硬件驱动程序。

Windows

在 Windows 平台上，COMSOL 默认使用的处理器内核数是所有可用物理内核的总数。例如，如果您使用的是由两个双核组成的机器，则默认情况下，COMSOL Multiphysics 进程会并行使用 4 个内核。

如果您希望 COMSOL 留出一个或多个处理器内核，可以手动设置作业使用的内核数，具体可通过以下操作更改默认行为：启动 COMSOL Desktop，在首选项菜单的多核与集群计算部分中设置内核数选项。

此外，您也可以在桌面上新建 COMSOL 可执行文件的快捷方式，并修改其属性，设置所需的线程数。

1. 在桌面上创建新的快捷方式。
2. 右键单击该快捷方式并选择“属性”。
3. 如果您希望 COMSOL 仅使用两个内核，可将“目标”字段改为"C:\Program Files\COMSOL\COMSOL61\Multiphysics\bin\win64\comsol.exe" -np 2。

mac OS X

在 Mac OS X 上，仅当从终端应用程序启动 COMSOL 时，才能控制 COMSOL 使用的处理器内核数。系统的默认行为是将所有可用的物理处理器内核都用于 COMSOL Multiphysics 应用程序，您可以在系统分析器 (System Profiler) 应用程序中获取处理器内核数，也可以使用命令sysctl hw.ncpu获取。您可以使用命令行开关替代默认设置，例如，使用/Applications/COMSOL61/Multiphysics/bin/comsol -np 2命令启动具有 2 个线程的 COMSOL。

Linux

您可以使用more /proc/cpuinfo | grep proc命令在某些系统上显示并行的 COMSOL 进程可用的内核数。

请注意，如果激活了超线程，则需要将上述命令报告的内核数除以相关的超线程因子（通常为 2），才能得到物理内核数。COMSOL 不会受益于超线程技术；如果 COMSOL 启动时的线程数超过物理 CPU 内核数，则性能会下降。

在 Linux 上，系统的默认行为是将所有可用的物理内核都用于 COMSOL Multiphysics 应用程序。您可以使用命令行开关替代默认行为，例如，以命令comsol -np 2开始。

超线程

COMSOL 目前无法受益于超线程技术，将仅使用与系统中的物理 CPU 内核数相同数量的线程。其结果是，如果超线程处于活动状态，Windows 任务管理器将显示 COMSOL 进程最多 50% 的 CPU 利用率。这是预料之中的，并不表示 CPU 利用率太低。注意，建议启用超线程功能，以便同时运行的其他应用程序仍可以利用它。

-mpmode 选项

-mpmode的值turnaround和throughput与 KMP_LIBRARY 环境变量的 OpenMP 运行时设置直接相关。-mpmode选项会覆盖系统设置（如果 KMP_LIBRARY 未设置）。

默认情况下，所有选项均使用 KMP_BLOCKTIME = 200。未设置-mpmode时，turnaround 也是默认值。COMSOL 不使用serial模式。COMSOL 为-mpmode列出的第三个值是owner，此选项与 turnaround 类似，区别在于 owner 还指定了针对计算机上的插槽数进行优化的线程关联，因此 owner 比 turnaround 更具优势。

对 NUMA 的认识

COMSOL 支持 NUMA（非统一内存访问）系统。NUMA 系统既可以是具有多个 CPU 插槽的系统，也可以是具有基于多个磁盘阵列的 CPU 的系统。这些系统的特点是可以通过不同的访问时间到达 RAM 内存模块。COMSOL 可以自动检测可用插槽的数量，也可以通过手动更改“首选项 / 多核与集群计算”中指定“插槽数”来设定。在命令行中，可以通过标志-numasets 来设置 NUMA 集（插槽）的数量。NUMA 集的数量越大，意味着运行仿真时，操作系统将线程从一个内核移到另一个内核的概率越低。

验证使用的数学库

默认选项是使用支持英特尔和 AMD 处理器的“英特尔数学核心函数库”(Intel Math Kernel Library)。对于 ARM 处理器，默认库为“Arm 性能库”(Arm Performance Libraries)。基本线性代数子程序 (BLAS) 是这些库的一部分，包含常用线性代数运算的低级例程。不过，您可以更改所使用的 BLAS 版本（见下文），也可以检查所使用的版本。要查看当前使用的 BLAS 库，可以将环境变量 COMSOL_BLAS_DEBUG 设置为 1。这将在 Windows 的开始目录中输出一个文件，并在 Linux 上写入标准输出，可用于在您遇到问题并需要更多信息时进行调试。

此外，您也可以使用 Microsoft 的“进程资源管理器”来确定哪些 DLL 已加载到进程中。

对于 Windows，可能的 DLL 名称是：

• csmklblas.dll：英特尔 MKL
• csaoclblas.dll：AMD AOCL
• csblasblas.dll：Netlib BLAS

对于采用英特尔和 AMD 的 Linux，您可以使用lsof代替“进程资源管理器”：

• libcsmklblas.so：英特尔 MKL
• libcsaoclblas.so：AMD AOCL
• libcsblasblas.so：Netlib BLAS
• libcsblisblas.so：BLIS

AOCL 库从 COMSOL 6.0 更新 2 开始提供。 Linux 上的 BLIS 库在 COMSOL 6.0 及更低版本中可用，在 COMSOL 6.1 中不可用。

对于采用 ARM 的 Linux：

• libcsarmplblas.so：Arm 性能库
• libcsopenblas.so：OpenBLAS
• libcsblasblas.so：Netlib BLAS

故障排除

我的新服务器有 48 个内核，但是当增加的线程数超过一定数量时，加速很慢。这是什么原因？

1. 问题的规模会影响加速效果。对于非常大型的模型（如几百万个自由度），加速效果会更好。如果您使用非常小的模型，则在使用多个内核时，加速会受到限制。此外，可能达到的最大加速效果还受到算法非并行部分的限制，这一极限由阿姆达尔定律描述。

2. 如果您在 COMSOL 中使用 MUMPS 直接求解器，请切换为 PARDISO 直接求解器。与 MUMPS 相比，后者可以为大量内核提供更好的共享内存加速。

3. 默认情况下，使用英特尔 MKL 库。对于 AMD 处理器，也可以通过指定-blas aocl来尝试使用 AOCL 库。

另请参见

另请参见选择硬件（解决方法 866）。
另请参见在集群上运行 COMSOL（解决方法 1001）。

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